La Nemunas est un axe de transport fluvial entre Kaunas et le port maritime de Klaipéda sur la Baltique. L'accès est assuré par un chenal traversant la baie Kurskij. La rivière serait navigable sur 200 km supplémentaires jusqu'à Grodno en Biélorussie si, à l'est de Kaunas, à 204 km de Klaipéda, un barrage hydroélectrique sans écluse n'empêchait la remontée vers l'amont.
La Nemunas est accessible depuis le réseau fluvial polonais à travers la baie Vislinskij (qui prend le nom de baie de Kaliningrad en Russie) et conduit à Pregel. Des canaux relient les baies de Pregel et Kurskij.
Le chenal est matérialisé par des balises entre Kaunas et l'embouchure de la rivière et par des signaux lumineux sur la baie Kurskij. Le trafic commercial n'est pas très développé et concerne essentiellement le bois et les matériaux de construction…