Les voies navigables représentent un fort potentiel pour l'Estonie, entravé cependant par le barrage hydroélectrique de 8 m de chute sur la Narva juste en amont du port homonyme. Ce port, à 20 km du golfe de Finlande, a récemment été rendu accessible aux bateaux de 3 à 4 m de tirant d'eau, dans le cadre d'une convention passée entre les autorités fluviales estoniennes et russes. Une écluse au niveau du barrage hydroélectrique de Narva permettrait l'accès au lac Peijpus, qui compte deux embarcadères, l'un à Storoziets et l'autre à Pskov sur la rive russe. Cependant aucun projet ne semble aller dans ce sens à court terme. L'Emajögi est accessible aux bateaux-promenades et autres embarcations dont le tirant d'eau n'excède pas 1,90 m entre le lac Peijpus et Tartu,la deuxième ville du pays…