Le transport fluvial se pratique sur la Sava et la Drava, les deux principaux affluents du Danube en rive droite. En amont de la frontière avec la Yougoslavie, la Sava est une rivière tortueuse à courant libre sur une distance de 376 km jusqu'à Zagreb. La navigation y est délicate, comme sur son affluent, la Kupa, vers Sisek. Toutefois, dans le cadre de la stratégie nationale de développement du réseau fluvial, la rivière devrait être aménagée aux normes de la classe IV d'ici à 2005, et à celles de la classe V en 2010. Ces travaux nécessiteront l'accord de la Bosnie-Herzégovine, puisque la Sava constitue la frontière sur la majeure partie de son parcours en amont de la Yougoslavie. Ce projet est intimement lié à la construction du canal Danube-Sava, d'une longueur de 61 km. En projet depuis une trentaine d'années, le canal ouvrirait une route vers la Hongrie et l'Europe occidentale plus courte de 400 km que l'itinéraire actuel par Belgrade et Novi Sad…